Được sự chỉ đạo của Bộ Quốc phòng, những năm gần đây, Trường Quân sự Quân khu 9 tiếp nhận từ Trường Sĩ quan Lục quân 2 (Đại học Trần Quốc Tuấn) thực hiện nhiệm vụ đào tạo liên thông từ hệ trung cấp lên cao đẳng và đại học ngành quân sự cơ sở. Qua 5 khóa đào tạo, các cơ quan, đơn vị, địa phương trên địa bàn Quân khu 9 đều đánh giá cao học viên về bản lĩnh chính trị, phẩm chất đạo đức, trình độ năng lực; hoàn thành nhiệm vụ, chức trách theo mục tiêu, yêu cầu đào tạo.